1944年初，日军在太平洋战场节节失利，为了打通中国大陆交通线，日军发动了豫湘桂战役。8月初衡阳沦陷以后，第四战区才意识到桂北门户洞开，日军下一个目标很有可能是广西。当时广西结构非常复杂。名义上是由第四战区负责，司令长官为张发奎，第四战区预定任务是面向越南作战，布防正面是越南。广西是桂系的老巢，驻守的也大多是广西部队，张发奎指挥不动。另外还设有委员长桂林行营，主任为白崇禧， 实际军政大权实际都握在白手中。
美国记者镜头下的桂军士兵
由于此前广西长期无战事，大部兵力已经外调，当面对日军入侵时，顿感兵力不足，只能向委员长请兵。蒋介石立即调派了自己的嫡系部队，当时卫戍重庆的93军到广西增援，军长陈牧农，黄埔一期，颇有战功。 这时蒋的嫡系部队大多在滇、川、黔、陕后方，派陈牧农到前线的目的无非就是要给地方派系做出表率，让他们死守广西。 93军配备美制新式武器，按说战斗力不错，但军长治军不严，部队在后方沾上恶习，纪律涣散。
8月初，陈牧农部到达广西，奉蒋介石命令驻守广西门户全州。自古部队由北攻南大多由全州、灌阳、龙虎关一线进入广西，而携带辎重的大部队最有可能取到全州，直抵广西腹地。而且全州是国军西南补给点，储备有大量军用物资，甚至连杜聿明的第五军机械化部队都在此处设有后勤仓库。全州的战略地位显得尤为重要。 全州地势西北是山脉，东南是盆地，要守全州只能守北面约30里的黄沙河镇。
桂林地形图
白崇禧和张发奎都清楚，以93军无法抵御日军优势兵力的进攻，固守全州的意义在于争取时间转移军用物资和给桂林、柳州充足的防御准备。 第四战区命令93军以一个团兵力占领黄沙河以北的庙头前进阵地，以主力据守黄沙河既设阵地，做持久抵抗。 但8月28日，蒋介石绕过白崇禧和张发奎给陈牧农下了一个电令： 「该军应以一部占领黄沙河阵地，以主力固守全州 。」
张发奎在巡视野战工事时才发现陈牧农仅以一个团驻守黄沙河，在问询得知是蒋介石的命令之后，并不敢违反。为了厘清责任，他又给陈牧农补发了一道命令：「 至少坚守半个月，撤退时机待命。 」并于9月11日回到桂林以后，打电话跟蒋介石报告，解释撤走军用物资最少需要两个星期时间。蒋介石表示同意。
被日军轰炸后的桂林正阳门
9月11日，日军精锐第十一军五十八师团推进到黄沙河一点，日军第五航空大队出动战机对黄沙河阵地进行了地毯式轰炸，守军损伤惨重，迅速溃退。次日晨全州阵地开始接触，但主力尚未展开战斗。 当晚12时左右，全州专员陈恩元跑到新安县向第四战区报告：「全州城内火光烛天，爆破声甚巨，电话已中断，兴安亦发现少数溃兵，情况似有变化。」
9月13日晚，陈牧农撤离全州，并将来不及运走的物资全部点燃。全州失守，广西震动。张发奎听说这一消息后异常愤怒，立即向蒋介石报告：「 陈军长未奉命令，擅自放弃全州，焚毁大批军需物品，应予严厉处分。」 蒋介石当即回复应就地枪决，第二天即补发电令：「 第三军军长陈牧农不奉命令，擅自撤退，放弃全州重要据点，着即就地枪决。 」蒋介石虽然有下令立即枪决的权力，但一般情况是先押回重庆经过审理后再执行，比如不久之前处决的第四军军长张德能。
9月17日，张发奎以开会的名义将陈牧农骗到桂林进行关押，并出示了蒋介石的电令。93军官兵得知后纷纷向张发奎求情，张也未想置陈牧农于死地，于是请求蒋介石下令将陈牧农交军委会审理。19日晚，蒋介石复电拒绝了张的请求，并严令： 「务将陈牧农枪决后的尸体拍照呈核备案。 」张发奎将这一消息告诉陈牧农时，他显得很绝望，请求跟蒋介石通电。张打电话到侍从室第一处，主任林蔚回复：「 委员长已休息，不必报告，命令已经下达，请长官立刻执行就是了。 」最终，陈牧农被交给夏威部下枪决。
被轰炸后的桂林
蒋介石下令枪决违反军令的下属不是第一次了，但这次还特意要求拍照呈核备案，这又是何用意呢？
据后来全程参与事件处理的张发奎司令部参谋处处长李汉冲在【1944年桂柳战役】一文中回忆：陈牧农被捕后，93军团以上军官向张发奎求情，张准许代理军长符昭骞与陈牧农办见面，办理交接。陈牧农委托符昭骞在重庆找人求情，并写了一封密封给张发奎，信表示在离开重庆赴桂作战前，曾得委员长面授机宜：「 在桂作战，应相机行事，不可以主力投入决战，一切战斗行动，可直接报告我，以我的命令为依据。 」并提到，全州撤退前曾电话请示委员长，获得同意。
但符昭骞为了得到军长位置，却把这封出卖蒋介石的信转交了一份给蒋介石，蒋介石担心自己私密信息被其传出去，于是下令立即就地枪决。陈牧农本来想在张发奎和蒋介石的夹缝之间，求得一线生机，没想到这封求救信反而成了催命符。关键时刻，出卖上级，自然不会得到原谅。
陈牧农
从信中的内容不难看出，蒋介石如意算盘。先让自己的嫡系部队来做个榜样，但却私下要求保存实力，不真正地打。而希望日军消耗桂系和粤系的力量。抗日战争中，东北军、西北军、晋军、湘军、川军、粤军都基本上都打垮了，当时的割据势力仅剩云南和广西，而桂系又是蒋介石的老冤家。桂柳会战之前已经是1944年底，除中国以外的战场都展开了反攻，明眼的人都知道，战争即将结束，结束以后又会迎来派系纷争，有部队才有资格去争。
当然白崇禧和张发奎也明白这个道理。 白崇禧提出了所谓「攻击防御」战术，把主力拉到桂林城外，只派了韦云淞的两个师死守桂林城，即便全部拼光损耗也不算大。 桂系自己老巢都不愿守，张发奎更不愿用自己的粤军来替桂系守门，他派杨森的川军驻守柳州城。11月10日，桂林守军经过一定抵抗以后最终沦陷。同时张发奎也命令部队弃守柳州。在美军参战获得制空权的1944年底，还弄出这样的惨败， 不得不说，各部都想保存实力，不愿拼尽全力，才是桂柳会战失败的主因。
1945年，抗战胜利前夕，蒋介石要求侍从室主任钱大钧调查陈牧农家属情况，最终以中将待遇为其家属发放抚恤金。这也正说明了，当年那场急速处决，蒋氏内心似有亏欠之意。
