1985年，經由國務院推薦、中組部首肯，丁關根同誌出任國家鐵道部長，主管鐵路建設與營運等工作。任期內，他一方面緊鑼密鼓的規劃建設新鐵路線，加強各地區、省市之間的交流；另一方面又加緊對動車、高鐵等新銳計畫的開發和測試，努力提高鐵路運輸的效率。在他的統籌下，中國的鐵路建設工作呈現出一派妍妍向榮的景象，大家因此對他稱贊有加。然而誰都沒想到的是，僅僅在三年之後的1988年，他卻突然宣布辭職，離開一線單位，這是怎麽回事？
丁關根是高知分子，早年曾在大名鼎鼎的上交大讀書，畢業後他被分配到交通部工作，從一個最基礎的技工做起，一步步升遷為高級工程師。他曾參與過多條鐵路幹線的勘察、設計工作，與同事們聯合提出了著名的「三橫三縱」構想，以鐵路為樞紐，溝通了中國南北、東西，為中國經濟建設與發展打下了堅實基礎。
1983年，丁關根被調到全國人大工作，他對此很不適應，畢竟他此前一直在技術崗位任職，對於文職崗位缺乏了解，很多事情沒辦法做得盡善盡美。於是在1984年，丁關根主動向黨中央提出申請，希望重新返回鐵道部工作。黨中央在認真考慮後，同意了他的請求，於1985年將他調回鐵道部擔任一把手。
重回老單位的丁關根幹勁十足，他很快便重新制定了鐵道部未來3年工作計劃，其中包括加快對青藏鐵路、京廣鐵路的建設，以及對京張鐵路等一批老舊路線的改造。鐵道部的員工們在這位雄才大略的部長的帶領下，各個都幹勁十足，憋著一口氣要做出一番大業績。
但好景不長，就在1988年，一場突如其來的鐵路事故改變了一切。1988年初，數百在外務工的貴州老鄉乘坐一趟特快列車返回老家，打算和家人一起共度春節，享受難得的團圓時光。貴州地形復雜、到處都充斥著危險，因此列車駕駛員十分警惕，在火車駛入貴州境內後便主動放慢速度，緩緩前行。
可即便如此小心謹慎，意外還是發生了，列車在行至某處偏僻郊野時，有幾節車廂突然相撞、脫軌，側翻在鐵路兩邊，有不少乘客被巨大的慣性直接甩飛，而後重重摔在地上。事故現場是一片狼藉、到處都是散落的行李和驚慌失措的傷員。不久之後，公安、消防、醫護陸續趕到現場對傷者展開救援，雖然大家都拼盡了全力，但還是有80多人因為傷勢過重，搶救無效離世，另有不少人落下了終身殘疾。
事故發生之後，丁關根第一時間趕到事故現場指揮救援，同時為所有傷員墊付了醫療款，並積極與保險公司商議賠償一事，盡量為乘客們爭取利益。等到救援活動結束之後，丁關根又迅速返回北京向國務院做工作匯報，主動承認了錯誤，當眾作出檢討。後來，他又特地召開了新聞釋出會，向媒體講述了事故發生的原因以及救援過程，並當著一眾記者的面宣布引咎辭職。
離開鐵道部之後，丁關根沈寂了一段時間，沒有再出現在公眾視野中，一直到1989年，他方才重新獲得黨組織重用，擔任中央書記處書記，後來又轉任中宣部長，官至副國。2002年，他從工作崗位上退了下來，開始過療養生活。
1988年的那次事故是丁關根唯一的遺憾，晚年他還一直對此事耿耿於懷，並接連寫了幾份有關此事的報告送出給鐵道部作為參考資料。從2005年開始，丁關根在家人的引導下，慢慢喜歡上了傳統文化，他每天都要抽出一兩個小時時間閱讀傳統國學典籍，除此之外，他還經常去參加一些國學講座。
除此之外，丁關根還很喜歡聽戲曲，每逢節假日，他都會去戲院逛一逛，當一回「票友」，演出結束後，他還會去後台慰問戲曲演員們，並和對方探討、交流一些戲曲知識。2010年，丁關根患上了嚴重的老年病，他的身體狀況隨之急轉直下。
黨中央得知此事後，馬上安排專家給他做會診，商議最穩妥的治療方案。2012年，丁老的身體已經到了極限，再也無法支撐下去，當年7月下旬，他溘然長逝，時年八十三歲。黨中央隨後為他舉辦了追悼會，胡同誌攜一眾中央領導前來為他吊唁，他的骨灰則按照規定被安置在八寶山。
