公元1644年，李自成率军北伐，攻陷大同、宣抚、居庸关，最后攻克北京。崇祯帝朱由检在煤山自缢。至此，大明王朝宣告灭亡，史称甲申国难。
但仅仅过了48天，吴三桂引领清兵入关，在一片石战役中迅速摧毁了大顺政权。李自成逃亡西汉，清军攻入北京，从此开始对中国的统治。
在崇祯帝自缢后，明朝宗室及文武大臣大多逃亡南方。此时淮河以南名义上仍属明朝，南京同时成为明朝在南方的政治中心。同年，凤阳总督马士英等人拥立明神宗朱翊钧之孙朱由崧继承皇帝，是为弘光帝，建立弘光政权，国号依旧为「明」，史称南明。
在如此风雨飘摇之中，得继大统的弘光帝却整日沉湎于酒色之中，而掌握朝廷实权的马士英、阮大铖等人也是醉生梦死，导致刚刚重新建立起来的南明朝廷更加腐败。
公元1644年11月16日，张献忠率领农民军攻克四川大部地区，在成都称帝，建立大西政权。
公元1645年，多尔衮派遣豫亲王多铎率军南征。而此时，南明内部却发生了激烈的党争。驻守武昌的左良玉以「清君侧」为名讨伐马士英，顺长江东下，争夺南明政权。马士英也急调江北四镇迎击左良玉，以致面对清军的江淮防线陷入空虚。
公元1645年4月，清军先后攻陷归德、颍州、太和、泗州、徐州等地，而后围攻江北重镇扬州。扬州督师史可法率城中百姓抵御清兵，损失惨重。到了此时，明朝镇将们各个拥兵自重，意图观望而不救援，最终导致扬州沦陷，史可法被俘后自缢而死。
清军占领扬州以后，多铎以不听招降为由，下令屠城，大屠杀在扬州延续了10天，遇难百姓共计80万人，史称「扬州十日」。
公元1645年5月，清军攻入南京，魏国公徐文爵、保国公朱国弼、灵璧侯汤国祚、定远侯邓文郁，及尚书钱谦益、大臣赵之龙、大学士王铎、都御史唐世济等人剃发降清。在位仅一年的弘光帝在芜湖被生擒（次年被送往北京处死），弘光政权覆灭。
从此南明四分五裂，再无统一的核心领导机构。
就在弘光帝被俘这一年，唐王朱聿键在郑鸿逵、郑芝龙、黄道周等人拥立下，于福州称帝，改年号为「隆武」，建立隆武政权。
隆武帝是南明第二任君主，他在位期间励精图治，任用金声、杨廷麟、何腾蛟等人抗击清军南下，同时收编李自成的农民军余部，并多次出兵北伐，还曾收复了安徽旌德、宁国等失地。但因为他的实力主要还是依靠郑芝龙、郑成功父子的军队，而郑芝龙拥兵自保，无心抗清，导致北伐最终失败。
隆武帝称帝40天后，弘光政权敕封的鲁王朱以海也在绍兴开始「监国」，建立鲁王政权。隆武帝跟鲁王朱以海政权为了争夺正统竟然开始互相攻伐。
公元1646年，清军攻占浙江，鲁王朱以海逃亡舟山群岛。之后，清军又兵分两路，由仙霞关、分水关进逼福建，如入无人之境。隆武帝携带数千士兵御驾亲征。而南明重臣郑芝龙不顾儿子郑成功的苦谏，执意北上投降清军，致使门户大开。
清军攻陷福建，隆武帝在逃往江西时被俘，绝食殉国，隆武政权灭亡。
郑志龙降清后，郑成功与其父决裂，远走金门，开始在沿海各地招兵买马，收编郑芝龙旧部在东南沿海抗清，成为南明后期主要军事力量之一。
隆武帝被害后，隆武帝之弟朱聿鐭逃到广州，被大学士苏观生及广东布政使顾元镜等在广州拥立为帝，年号绍武，建立邵武政权。
而同时，明神宗朱翊军之孙、桂王朱由榔在广东肇庆被拥立为帝，是为永历帝，建立永历政权。南明再次出现帝并立的局面，为了争夺正统，互相攻伐。
正在两帝互相厮杀之际，清军在李成栋的指挥下，乔装打扮成商人，偷袭攻克广州城，在位仅40天的邵武帝及首辅苏观生自杀殉国，邵武政权灭亡。永历帝在清军进逼下由肇庆逃往广西，导致永历朝廷在广东人心大失。
公元1646年11月，大西政权将领刘进忠叛变，勾结清军，带领清军进入川北袭击大西农民军，张献忠也在与清军作战中战死，余部孙可望、李定国率领大西军转入云贵地区继续抗清。
公元1647年，鲁王朱以海向各路大军表明「王业不偏安」的决心，并开始着手收复失地，短短半年内，相继收复福建多个府县，清朝在福建的统治陷入崩溃的边缘。
同时，大顺军余部打着反清复明的口号出现在抗清斗争最前线，联合南明军在湖南接连取得胜利，几乎收复了湖南全境。
可是就在明朝复兴形势一片大好之际，鲁王政权又不可避免的开始内讧，郑彩（郑芝龙之子）想架空鲁王朱以海，继而使自己取得控制大权，为了达到目的，郑彩排斥异己，残害忠臣，使这一支军队战斗力大减，导致先前攻取的福建等州县又被清军夺去。
公元1648年，广东、四川等地的抗清武装开始主动攻伐，一时间，永历政权名义上控制的区域扩大到了广东、云南、贵州、陕西等九省，使反清复明的声势一时大涨。
但就在复兴有望之际，永历政权内部同样也是开始了导致明朝灭亡的派系争斗。各个政治势力互相攻讦，农民军也备受排挤打击，不能团结对敌，使清军有了喘息之机。
公元1650年，东南沿海的张煌言、郑成功等人的抗清军队也乘机发动攻势，接连取得磁灶大捷、钱山大捷、海澄大捷等一连串胜利。
公元1651年，清朝总督陈锦率兵攻陷舟山群岛，鲁王朱以海逃亡厦门投奔郑成功，不久后病死在金门。
同年，大西余部孙可望和李定国为了实现联明抗清的愿望，归顺南明政权。自此，大西军以明朝的身份走在了第一线。
公元1652年，清廷任命孔有德进攻贵州，吴三桂进攻川南，两路夹击，以实现围剿明军的目的。李定国率8万人东出广西，下桂林，取得靖州大捷、桂林大捷，击毙孔有德，然后又北上湖南，取得衡阳大捷，阵斩清朝郡王尼堪，李定国斩杀清军两王、光复相桂，天下震动。
同时，刘文秀率北路军出击四川，东南沿海的郑成功抗清军队也发动攻势，南明出现了第二次抗清斗争的高潮。
但孙可望妒嫉李定国取得桂林横州大捷，逼走李定国，破坏了抗清大好形势。
公元1654年，孙可望密谋篡位，引发南明内讧。永历帝为了保住帝位，派使臣前往广西想召回李定国护驾，可惜事情败露，吴贞毓等17名大臣被处死，史称十八先生之狱。
公元1656年，李定国进入安龙，迎接永历帝到云南昆明。同年，孙可望以清君策为名，率十万大军进攻云南。李定国、刘文秀率领3万人在交水河畔与孙可望交战，孙可望部下临阵倒戈，十万大军瞬间瓦解，仅剩50余人随即逃走，走投无路的孙克望投降清军，导致南明的军事情报虚实尽数被清军掌握。
公元1658年，清军主力分三路进攻贵州，贵州沦陷。
公元1659年，平西将军吴三桂率清军攻入云南昆明，在滇西磨盘山与李定国军队展开激战。此战使南明军耗尽了最后的精锐兵力。永历帝在李定国的保护下由昆明撤到永昌，又由永昌逃到缅甸境内，被缅甸王莽达收留。
恰好此时缅甸又发生宫廷政变，莽达被处死，永历帝则被缅甸扣留。
同年，郑成功再次率领大军北伐，会同张煌言部队顺利进入长江，接连攻克镇江、瓜州，包围南京。郑军在久攻不破的情况下，意外遭到清军突袭，致使郑军大败。
公元1660年，李定国率明军决定从缅甸抢出永历帝，在缅北与缅军大战，明军大获全胜，但未救出永历帝。
公元1661年，郑成功留下儿子郑经防守厦门、金门，为夺取台湾打造新根据地，亲率2.5万名将士从金门出发，越过台湾海峡进军台湾，在台江海域与荷兰军舰展开海战，击沉一艘荷兰军舰，并夺取船只数艘，同时在北线尾地区击败荷兰陆军，围困敌军8个月之久，荷兰侵略者们见援兵无望，在孤城难守的情况下投降，率领残敌500人狼狈退出台湾。至此，荷兰侵略者在台湾38年的殖民统治宣告结束。
公元1662年，吴三桂率清军攻入缅甸，缅王迫于压力，将永历帝及其家属送交给清军带回昆明。
永历帝朱由榔在昆明被清军用弓弦勒死，终年40岁。李定国得知永历帝被吴三桂绞死后，悲愤而死。
自此，存在18年的南明灭亡。
完
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