動蕩爆發之後，全黨、全軍掀起了一波「階級鬥爭」的狂潮，激進分子們打著「鬧革命」的旗號、為非作歹，大肆殘害老同誌，光是在1966年下旬，便有數百位軍政幹部被打倒，時任空軍司令的吳法憲便是其中之一。
吳法憲算是一位比較正派的革命者，他早年曾在中央蘇區浴血奮戰、立功無數，抗戰時，他又在山東戰場大顯神威，數次挫敗日偽軍和國民黨軍。解放戰爭時，他在東野任職，是林彪的得力幹將。建國後，他長期在空軍部隊工作，與劉亞樓將軍一起建設了一支強有力的空中力量，保衛中國的領空安全。
可就是這麽一位戰功卓著的老將，居然在動蕩時期被居心叵測者扣上了「右派」的帽子，繼而遭到批鬥和關押。後來，林彪向他伸出了援助之手，幫他虎口脫險、官復原職。如此大恩，吳法憲怎能不感激？自此之後，他誓死追隨林彪，成了林的「鐵桿」同黨。
林原本也是一位好同誌，但在動蕩時期，他受「左傾」思想的影響，心態慢慢發生了變化，開始搞政治鬥爭、爭權奪利，迫害革命戰友，犯了不少錯誤。吳法憲跟著林，難免也會做一些不合時宜的事情，在1967年，他參與發起了針對少奇同誌、鄧公和陶鑄同誌的政治風暴，致使這三位同誌被革職，其中劉、陶更是先後被迫害致死，實在令人惋惜。
時間來到1970年，黨中央按照預定計劃在廬山召開了黨代會，會上林彪和康生突然提出要恢復「國家主席」一職，吳法憲和黃永勝等人立即予以附和。明眼人都能看出來，這是一場徹頭徹尾的「政治陰謀」，毛主席對此很是反感，於是便點名批評了以林為首的一批人。會後，康生直接被革職關押，吳法憲見狀大驚失色，他很擔心自己也會落得康生一樣的下場，因此惶惶不可終日，整個人一直處於緊繃狀態。
時間來到1971年下旬，林的兒子膽大包天，居然想要暗害毛主席，好在主席比較機敏，提前察覺到了危險，一舉粉碎了羅織的陰謀，化險為夷。不久之後，震驚中外的九一三事件爆發，林彪以及葉群等人墜亡。雖然中央對此事嚴格保密，但吳法憲還是透過特殊渠道了解到了這一噩耗。
直覺告訴他，中央一定會將此事調查到底，屆時他必定會遭到「清算」。果不其然，在一周之後，毛主席授意中央警衛團逮捕了吳法憲，將其關入秦城監獄。吳法憲在獄中認真反思了自己的錯誤，並數次給黨中央寫信懺悔自己的罪行，希望取得諒解。
1981年，他接受了最高法的審判，被判處十七年有期徒刑，在庭審現場，他痛哭流涕，直言自己對不起黨組織和人民，自己認罪認罰，絕不上訴。同年8月，黨中央在經過認真考慮之後，決定特批吳保外就醫，並允許他選擇一個城市作為終老之所。吳法憲在經過仔細挑選後，決定在濟南安度余生。
晚年的吳法憲早已沒了曾經的銳氣和傲氣，他如同普通人一樣生活，每天到菜市場買便宜菜，閑暇時會到街頭和同齡人喝喝茶，下下象棋，日子過得倒也安逸。鄰居們知道吳法憲是老紅軍，因此對他很是尊重，每次碰到他都會熱情打招呼，逢年過節還會給他送一些瓜果蔬菜。而吳法憲為了報答鄰居們，便義務為鄰居家的小孩子補課，教孩子們數學、語文以及基礎的俄語。有一次，一家香港媒體找到吳法憲，想要對他做一個專訪，吳法憲當即選擇「裝聾作啞」予以拒絕，過去的事就讓它煙消雲散，自己不想再提及。
上個世紀末，山東省委特地給吳法憲安排了一處比較寬敞的小院居住，吳法憲為此很是高興，他一再給山東省委寫信表示感謝，省委則回信稱這是對老同誌應有的照顧。不過吳法憲還沒過幾天幸福日子，他便被查出患上了嚴重的老年病，必須住院治療。於是吳法憲便寫信給黨中央求助，黨中央隨即將他安排到濟南軍區總醫院接受治療，並允許他享受免費醫療待遇。
時間來到2004年，吳法憲病逝，時年八十九歲。家人們為了避免節外生枝，並沒有大張旗鼓的舉辦葬禮，可仍有上千人自發前來為這位老紅軍送行，追悼會後吳法憲的骨灰被遷往一處偏僻的革命陵園安葬。
