1966年，動蕩剛剛爆發的時候，陳老總對於這場帶有明顯政治傾向的運動還是比較寬容的，並沒有表現出任何的反感，他覺得這就是一場年輕同誌主導的「小打小鬧」，過一段時間自然就會消解下去，到時候天還是天、地還是地，人民政權就還是人民政權。
但令老總萬萬沒想到的是，動蕩後來竟愈演愈烈，逐漸演化成一場席卷全
國的階級鬥爭，也正是在此時，一些老同誌開始受到激烈批評，其中少奇同誌更是屢次被「揪鬥」，身心均受到巨大傷害。陳老總不忍老戰友落得如此境遇，於是便在中央工作會議上公開為劉講話，但結果卻還是沒能挽救劉，劉最終被隔離審查，失去了自由，並在1969年病逝。
時間來到1967年，陳老總終於對動蕩忍無可忍，於是便和周總理、李先念將軍等人對居心叵測者展開了一系列反擊，要求盡快結束動蕩，讓國家重新回歸正軌。居心叵測者為此對陳老總恨之入骨，張春橋等人為了針對老總，不惜捏造證據和事實，在毛主席面前告他的「黑狀」。
陳老總得知此事後深感大事不妙，於是他立即寫信給毛主席，希望主席不要聽信居心叵測者的胡言亂語，自己從來沒有做過任何對不起革命的事，一顆忠心天地可鑒。一周之後，毛主席給陳老總回了一封簡訊，安慰他不要急躁，事情還不像他想的那樣糟糕。當年勞動節慶祝大會上，毛主席還專門和陳老總握了手，並一再強調自己會「保」陳老總。有了主席的保證，老總的心裏方才輕松了一些。
可他萬萬沒想到，居心叵測者並未因此罷休，他們隨後又對陳老總展開了一系列汙蔑和針對，陳老總隨即對居心叵測者進行反駁，借以維護自己的名譽，但結果卻並不如意，在居心叵測者的持續不斷的攻擊下，老總的名譽遭到汙染，黨內地位更是一落千丈。1969年，「九大」召開的時候，陳老總已然成了大家避之不及的人物，他在受邀進入「九大」會場期間，沒有一個人主動和他搭話，甚至沒有人願意坐在他的旁邊開會，這讓他感到十分尷尬、不自在。
就在此時，許世友將軍突然走到陳老總面前，向他敬了一個禮，隨後高聲喊道：首長好！陳老總是許世友的老上級，兩人曾在華野並肩作戰，情誼十分深厚。而許將軍這般雪中送炭的行為也讓陳老總感動不已，但老總擔心自己和許將軍關系過於密切的話，可能給許將軍招來什麽「災禍」，因此他還是刻意和許將軍保持距離，沒有稱呼許將軍為「老下級」或者其他比較親近的名字，而是比較鄭重的稱呼許為「許司令」。
緊接著，許將軍坐在了陳老總身邊，一再對他進行安慰，並且還送了一個毛主席像章給他作為禮物。許將軍此舉有兩層深刻含義，第一是鼓勵陳老總要向前看，不要為了一些小事糾結，居心叵測者就是狐假虎威的偽君子，「蹦跶」不了幾天；第二是暗示陳老總，毛主席明察秋毫，絕對不會任由居心叵測者胡作非為。
在許將軍的鼓勵下，陳老總很快振作了起來，又重新投入到工作之中，以最飽滿的熱情繼續革命，同時也不忘繼續和居心叵測者做鬥爭。時間來到70年代初，陳老總被查出患上了癌癥，他被迫離開工作崗位，轉往北戴河療養。期間毛主席還寫信給陳老總，叮囑他要好好休息，遵照醫囑按時服藥、休息。
但令人遺憾的是，在1972年，陳老總還是因病去世，訊息傳到中南海，毛主席一時悲傷欲絕，不禁淚眼朦朧，陳老總可是井岡山出來的老同誌，和毛主席一起革命數十年，與主席有著非常深厚的感情。主席對陳老總十分不舍，因此便想親自參加老總的追悼會，送老總最後一程。
不過此時主席的身體狀況已經很不樂觀了，醫生不建議主席出遠門，還是待在菊香書屋靜養比較好，可主席卻堅持要去送別老同誌。不久之後，在秘書的攙扶之下，毛主席來到了陳老總的靈堂前，向老總鞠躬，並敬獻花圈，期間周總理為陳老總致悼詞，毛主席就站在一邊，側耳傾聽，時不時擡起袖口擦拭眼淚。等到周總理念完悼詞後，主席才緩緩離去，又返回了菊香書屋。
