1944年初，日軍在太平洋戰場節節失利，為了打通中國大陸交通線，日軍發動了豫湘桂戰役。8月初衡陽淪陷以後，第四戰區才意識到桂北門戶洞開，日軍下一個目標很有可能是廣西。當時廣西結構非常復雜。名義上是由第四戰區負責，司令長官為張發奎，第四戰區預定任務是面向越南作戰，布防正面是越南。廣西是桂系的老巢，駐守的也大多是廣西部隊，張發奎指揮不動。另外還設有委員長桂林行營，主任為白崇禧， 實際軍政大權實際都握在白手中。
美國記者鏡頭下的桂軍士兵
由於此前廣西長期無戰事，大部兵力已經外調，當面對日軍入侵時，頓感兵力不足，只能向委員長請兵。蔣介石立即調派了自己的嫡系部隊，當時衛戍重慶的93軍到廣西增援，軍長陳牧農，黃埔一期，頗有戰功。 這時蔣的嫡系部隊大多在滇、川、黔、陜後方，派陳牧農到前線的目的無非就是要給地方派系做出表率，讓他們死守廣西。 93軍配備美制新式武器，按說戰鬥力不錯，但軍長治軍不嚴，部隊在後方沾上惡習，紀律渙散。
8月初，陳牧農部到達廣西，奉蔣介石命令駐守廣西門戶全州。自古部隊由北攻南大多由全州、灌陽、龍虎關一線進入廣西，而攜帶輜重的大部隊最有可能取到全州，直抵廣西腹地。而且全州是國軍西南補給點，儲備有大量軍用物資，甚至連杜聿明的第五軍機械化部隊都在此處設有後勤倉庫。全州的戰略地位顯得尤為重要。 全州地勢西北是山脈，東南是盆地，要守全州只能守北面約30裏的黃沙河鎮。
桂林地形圖
白崇禧和張發奎都清楚，以93軍無法抵禦日軍優勢兵力的進攻，固守全州的意義在於爭取時間轉移軍用物資和給桂林、柳州充足的防禦準備。 第四戰區命令93軍以一個團兵力占領黃沙河以北的廟頭前進陣地，以主力據守黃沙河既設陣地，做持久抵抗。 但8月28日，蔣介石繞過白崇禧和張發奎給陳牧農下了一個電令： 「該軍應以一部占領黃沙河陣地，以主力固守全州 。」
張發奎在巡視野戰工事時才發現陳牧農僅以一個團駐守黃沙河，在問詢得知是蔣介石的命令之後，並不敢違反。為了厘清責任，他又給陳牧農補發了一道命令：「 至少堅守半個月，撤退時機待命。 」並於9月11日回到桂林以後，打電話跟蔣介石報告，解釋撤走軍用物資最少需要兩個星期時間。蔣介石表示同意。
被日軍轟炸後的桂林正陽門
9月11日，日軍精銳第十一軍五十八師團推進到黃沙河一點，日軍第五航空大隊出動戰機對黃沙河陣地進行了地毯式轟炸，守軍損傷慘重，迅速潰退。次日晨全州陣地開始接觸，但主力尚未展開戰鬥。 當晚12時左右，全州專員陳恩元跑到新安縣向第四戰區報告：「全州城內火光燭天，爆破聲甚巨，電話已中斷，興安亦發現少數潰兵，情況似有變化。」
9月13日晚，陳牧農撤離全州，並將來不及運走的物資全部點燃。全州失守，廣西震動。張發奎聽說這一訊息後異常憤怒，立即向蔣介石報告：「 陳軍長未奉命令，擅自放棄全州，焚毀大批軍需物品，應予嚴厲處分。」 蔣介石當即回復應就地槍決，第二天即補發電令：「 第三軍軍長陳牧農不奉命令，擅自撤退，放棄全州重要據點，著即就地槍決。 」蔣介石雖然有下令立即槍決的權力，但一般情況是先押回重慶經過審理後再執行，比如不久之前處決的第四軍軍長張德能。
9月17日，張發奎以開會的名義將陳牧農騙到桂林進行關押，並出示了蔣介石的電令。93軍官兵得知後紛紛向張發奎求情，張也未想置陳牧農於死地，於是請求蔣介石下令將陳牧農交軍委會審理。19日晚，蔣介石復電拒絕了張的請求，並嚴令： 「務將陳牧農槍決後的屍體拍照呈核備案。 」張發奎將這一訊息告訴陳牧農時，他顯得很絕望，請求跟蔣介石通電。張打電話到侍從室第一處，主任林蔚回復：「 委員長已休息，不必報告，命令已經下達，請長官立刻執行就是了。 」最終，陳牧農被交給夏威部下槍決。
被轟炸後的桂林
蔣介石下令槍決違反軍令的下屬不是第一次了，但這次還特意要求拍照呈核備案，這又是何用意呢？
據後來全程參與事件處理的張發奎司令部參謀處處長李漢沖在【1944年桂柳戰役】一文中回憶：陳牧農被捕後，93軍團以上軍官向張發奎求情，張準許代理軍長符昭騫與陳牧農辦見面，辦理交接。陳牧農委托符昭騫在重慶找人求情，並寫了一封密封給張發奎，信表示在離開重慶赴桂作戰前，曾得委員長面授機宜：「 在桂作戰，應相機行事，不可以主力投入決戰，一切戰鬥行動，可直接報告我，以我的命令為依據。 」並提到，全州撤退前曾電話請示委員長，獲得同意。
但符昭騫為了得到軍長位置，卻把這封出賣蔣介石的信轉交了一份給蔣介石，蔣介石擔心自己私密資訊被其傳出去，於是下令立即就地槍決。陳牧農本來想在張發奎和蔣介石的夾縫之間，求得一線生機，沒想到這封求救信反而成了催命符。關鍵時刻，出賣上級，自然不會得到原諒。
陳牧農
從信中的內容不難看出，蔣介石如意算盤。先讓自己的嫡系部隊來做個榜樣，但卻私下要求保存實力，不真正地打。而希望日軍消耗桂系和粵系的力量。抗日戰爭中，東北軍、西北軍、晉軍、湘軍、川軍、粵軍都基本上都打垮了，當時的割據勢力僅剩雲南和廣西，而桂系又是蔣介石的老冤家。桂柳會戰之前已經是1944年底，除中國以外的戰場都展開了反攻，明眼的人都知道，戰爭即將結束，結束以後又會迎來派系紛爭，有部隊才有資格去爭。
當然白崇禧和張發奎也明白這個道理。 白崇禧提出了所謂「攻擊防禦」戰術，把主力拉到桂林城外，只派了韋雲淞的兩個師死守桂林城，即便全部拼光損耗也不算大。 桂系自己老巢都不願守，張發奎更不願用自己的粵軍來替桂系守門，他派楊森的川軍駐守柳州城。11月10日，桂林守軍經過一定抵抗以後最終淪陷。同時張發奎也命令部隊棄守柳州。在美軍參戰獲得制空權的1944年底，還弄出這樣的慘敗， 不得不說，各部都想保存實力，不願拼盡全力，才是桂柳會戰失敗的主因。
1945年，抗戰勝利前夕，蔣介石要求侍從室主任錢大鈞調查陳牧農家屬情況，最終以中將待遇為其家屬發放撫恤金。這也正說明了，當年那場急速處決，蔣氏內心似有虧欠之意。
